Le montant de la rémunération des agents titulaires des trois fonctions publiques se fait selon le même calcul, prévu par l’article 20 de la loi du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires : un traitement brut indiciaire fondé sur la valeur du point fonction publique (54,8634 euros au 1er mars 2008) que multiplie l’indice de traitement de l’agent (déterminé par son grade et son échelon), auquel s’ajoutent l’indemnité de résidence, le supplément familial de traitement, ainsi que des indemnités instituées par un texte législatif ou réglementaire. Les agents peuvent aussi bénéficier de certains avantages en nature.

Le montant de l’indemnité de résidence auquel a droit un agent public est calculé en appliquant au traitement brut un taux variable selon la zone territoriale dans laquelle est classée la commune où il exerce ses fonctions (il existe 3 zones d’indemnité).

Le supplément familial de traitement (SFT) est attribué aux agents publics ayant au moins un enfant à charge au sens des prestations familiales. Il comprend un élément fixe et un élément proportionnel au traitement brut qui varient en fonction du nombre d’enfants à charge.

Les indemnités horaires pour travaux supplémentaires (IHTS) permettent d’indemniser les heures supplémentaires de certains agents (catégorie B et C) si elles n’ont pas été compensées par un repos compensateur.

Les salariés à temps complet de la fonction publique territoriale soit 1,2 million d’agents en équivalent années travail ont perçu en 2006 un salaire net mensuel moyen de 1.669 euros. Suivant le type de collectivité, ce salaire moyen varie entre 1.454 euros pour les agents des caisses communales et caisses des écoles, et 2.177 euros pour les salariés des services Incendie-Secours.

Chaque collectivité peut voter son propre régime indemnitaire pour ses agents dans les limites des montants de référence de certains corps de l’Etat déterminés par décrets et variant selon les filières. Le montant du régime indemnitaire dépend aussi des moyens financiers dont dispose la collectivité territoriale. A ce titre, il n’y a aucune obligation pour les collectivités locales d’instaurer un régime indemnitaire, même si la plupart des collectivités en ont instauré un et qu’il représente, de façon globale, plus de 16% de la rémunération totale des agents des collectivités locales.
Il appartient à l’assemblées délibérante de la collectivité de fixer les bénéficiaires, la nature et les conditions d’attribution des primes et indemnités, dans le respect du principe de parité. Cette décision revêt un caractère réglementaire, ce qui implique que l’assemblée peut modifier le contenu des délibérations relatives au régime indemnitaire à tout moment. Les agents ne peuvent se prévaloir d’un «droit acquis» à leur maintien.

Le régime indemnitaire représente 16,5% de la rémunération totale des titulaires, et 10,4% de celle des non titulaires. La majeure partie des indemnités des titulaires, soit 10,4% sur 16,5%, relèvent de l’article 88  de la loi du 26 janvier 1984 (homologie avec les corps de la fonction publique d’État) ; 5,4% relèvent de l’article 111 (maintien des avantages acquis avant la loi de 1984).
Enfin, la NBI représente 0,8% de la rémunération totale des titulaires. C’est dans les SDIS que la part du régime indemnitaire dans la rémunération de l’ensemble des agents titulaires et non titulaires est la plus élevée (plus de 30% des rémunérations). Les communautés urbaines et d’agglomération, les conseils régionaux et généraux, ainsi que les offices d’HLM, les centres de gestion et le CNFPT se situent entre 19% et 23%. Pour les communes, la part des indemnités dans la rémunération croît avec la taille de la collectivité (de 4,2% dans les communes de moins de 5 000 habitants à 17,3% dans les communes de plus de 100 000 habitants).

Aucun texte de portée générale applicable aux agents non titulaires ne précise les conditions de leur rémunération. Celles-ci sont donc fixées contractuellement. Toutefois, les juges administratifs ont fixé à l’occasion de plusieurs décisions que cette rémunération doit être fixée par référence à celle que percevrait un fonctionnaire qui assurerait les mêmes fonctions à niveaux de qualification et d’expérience professionnelle équivalents.
Pour autant, les administrations disposent, dans la limite des crédits prévus à cet effet, d’une grande latitude : une administration est libre de fixer ou non la rémunération des agents contractuels qu’elle emploie par référence à un indice de la fonction publique. Cette rémunération peut au contraire correspondre à un montant global forfaitaire.

La rémunération des agents contractuels recrutés pour une durée déterminée ne peut être révisée qu’à l’occasion du renouvellement du contrat, sauf stipulation contractuelle expresse précisant les éventuelles conditions d’évolution de cette rémunération en cours de contrat. Enfin, s’agissant des agents contractuels recrutés en CDI, une obligation de négociation salariale tous les trois ans vient d’être imposée par le législateur.