Le salaire mensuel net moyen dans la fonction publique hospitalière (FPH) s’élevait en 2005 à 2092 euros, proche de celui de la FPE (2127 euros) et supérieur à celui de la territoriale (1615 euros), selon le rapport annuel sur l’Etat de la fonction publique 2008 . Ces moyennes sont faussées notamment par la proportion plus importante d’employés et d’ouvriers dans la FPT que dans la FPH.

Le montant de la rémunération des agents titulaires des trois fonctions publiques se fait selon le même calcul, prévu par l’article 20 de la loi du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires : un traitement brut indiciaire fondé sur la valeur du point fonction publique (54.8634 euros au 1er mars 2008) que multiplie l’indice de traitement de l’agent (déterminé par son grade et son échelon), auquel s’ajoutent l’indemnité de résidence, le supplément familial de traitement, ainsi que des indemnités instituées par un texte législatif ou réglementaire. Les agents peuvent aussi bénéficier de certains avantages en nature.

Le montant de l’indemnité de résidence auquel a droit un agent public est calculé en appliquant au traitement brut un taux variable selon la zone territoriale dans laquelle est classée la commune où il exerce ses fonctions (il existe 3 zones d’indemnité).

Le supplément familial de traitement (SFT) est attribué aux agents publics ayant au moins un enfant à charge au sens des prestations familiales. Il comprend un élément fixe et un élément proportionnel au traitement brut qui varient en fonction du nombre d’enfants à charge.

Les agents de la fonction publique hospitalière bénéficient également de différentes indemnités et primes liées à leur emploi.
Exemple du Cadre de santé, au 1er échelon (1ere année), indice majoré 380 au 01/07/2007 :

Indemnités et primes :

• prime Veil : 1080 euros annuel (90 euros/mois)
• indemnité de sujétion spéciale
• prime de service
• prime d’encadrement : 1094,64euros annuel
• pour les cadres supérieurs de santé, la prime d’encadrement s’élève à 2009,40 euros annuel.
• Nouvelle Bonification Indiciaire mensuelle.

En ce qui concerne les agents contractuels, leur rémunération est habituellement fixée par référence à une grille ou à un indice, mais cette référence n’est pas obligatoire. Aucun texte de portée générale applicable aux agents non titulaires ne précise les conditions de leur rémunération. Celles-ci sont donc fixées contractuellement.
Toutefois, les juges administratifs ont estimé dans leurs décisions que cette rémunération doit être fixée par référence à celle que percevrait un fonctionnaire qui assurerait les mêmes fonctions à niveaux de qualification et d’expérience professionnelle équivalents. Pour autant, les administrations disposent, dans la limite des crédits prévus à cet effet, d’une grande latitude : une administration est libre de fixer ou non la rémunération des agents contractuels qu’elle emploie par référence à un indice de la fonction publique. Cette rémunération peut au contraire correspondre à un montant global forfaitaire.